（一）有组织的大屠杀
日军进攻南京城时，其“华中方面军”司令官松井石根下达训令：“发扬日本的武威，而使中国畏服。”攻占南京后，对城内外进行“扫荡”、“肃正”，即搜捕败残兵，杀害俘虏。日军采取了“大体不保留俘虏之方针，故决定全部处理之”。日军在南京城无论对平民还是对解除了武装的军人，肆意进行大规模的屠杀焚掠，制造了骇人听闻的血腥恐怖。
日军不许接受中国兵投降，俘虏全部处死。大批中国士兵在交出武器投降后，于最初72小时内，在城外被机枪扫射处决，大多数在扬子江边。这一批被杀士兵即有3万人。日军所谓“全部处理”俘虏的方针，在实施中进一步发展为“青壮年都可以看作败残兵，或是便衣兵”，因此对于一般男子也进行有组织的大屠杀。
日军将南京普通民众和徒手士兵用绳索捆绑，每百人或数百人围成一团，用机枪扫射，或用汽油焚烧，或抛尸江河湖塘。日兵在大街小巷逢人便杀。南京城到处血流成河，到处是屠场。仅12月以内，日军在汉中门外，鱼雷营江边，中山码头，下关，煤炭港，草鞋峡，水西门外上新河一带，城南凤台乡、花神庙一带，燕子矶江边，宝塔桥一带，10起杀害千人以上的集体屠杀，被害者达19万人。日军分散屠杀被害者，仅3个较大的慈善团体掩埋的，计有10多万人。还有一些屠杀的被害人数不包括在此之内。战后对南京大屠杀主犯谷寿夫的判决书中认定：12月12-21日，计于中华门外花神庙、宝塔桥、石观音、下关草鞋峡等处，被俘军民遭日军用机关枪集体射杀并焚尸灭迹者，有单耀亭等19万余人；此外，零星屠杀，其尸体经慈善机关收埋者15万余具，被害总数在30万人以上。远东国际军事法庭认定，日军占领南京的最初6个星期内在南京及其附近屠杀俘虏和平民的总数达20万人以上，“这由掩埋队及其他团体所埋尸体达十五万五千人的事实就可以证明了。这个数字还没有将被日军所烧弃了的尸体、投入到长江，或以其他方法处分的人们计算在内。”这与南京大屠杀遇害同胞总数在30万以上是吻合的。